运输公司收6000元违章保证金需依法处理。依据《合同法》等，保证金应合理且双方有约定。若无明确约定或违规收取，可要求退还。不及时处理可能导致资金被非法占用，损害公司利益。
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处理违章保证金常见方式有协商、投诉、诉讼。首先尝试与运输公司协商；协商无果可向相关部门投诉；仍无法解决则可考虑法律诉讼，依据《合同法》维权。
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违章保证金应这样处理：1. 核查合同：检查与运输公司的合同中是否有保证金相关条款，确保合法性。2. 协商退款：若无违规或合同未约定，与运输公司协商退还6000元保证金。3. 投诉举报：协商无果，向交通、工商等部门投诉，要求介入处理。4. 法律诉讼：若问题仍未解决，准备相关证据，依据《合同法》提起诉讼，要求退还并赔偿损失。