行政机关银行账户能被法院冻结。依据《民事诉讼法》等规定，法院可裁定并采取冻结措施，未及时处理可能导致资金无法流动等严重后果。
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行政机关银行账户被冻结的常见处理方式是提出异议或申请解冻。若认为冻结有误，应及时向法院提出书面异议；若符合解冻条件，可申请解冻以恢复账户使用。
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行政机关账户被冻结，应对如下：1.核实冻结信息，确认冻结原因；2.如认为冻结有误，准备相关证据，向法院提出异议；3.若符合解冻条件，提交解冻申请及必要材料；4.等待法院审查并作出决定，期间保持沟通。